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通过共表达网络分析(WGCNA)
文章解析:谭永飞. 通过共表达网络分析 (WGCNA) 探究前列腺癌发生与进展相关功能基因模块. MS thesis. 吉林大学, 2018. 数据来源:TCGA(The Cancer Genome Atlas) (https://portal.gdc.cancer.gov/) 一、数据下载与处理文章使用了TCGA-Assembler的R程序包下载TCGA规范化处理过后的LV3开放前列腺癌...
2024-03-25
生物计算机科学
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宏基因组实战:基因注释Prokka
1.Prokka简介细菌基因组、宏基因组的基因注释一直是一个非常复杂的问题,Prokka的出现改变了这一切。 Prokka: rapid prokaryotic genome annotation,快速的原核基因组注释。就是上面的神兽,猜猜是什么动物,但真不是皮卡丘。 Prokka是一个命令行软件工具,可以在一台典型台式机上在约10分钟内充分注释一个细菌基因组草图。它产生标准兼容的输出文件以...
2024-02-20
生物计算机科学
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metaGEM使用小记(解决各种问题)2024.1(二)
书接上文,貌似配置还有点问题。跑了半天以后迟迟看不到结果,htop一看CPU占用几乎为0,应该是没跑起来,squeue 再一看,状态是PD,意思是等待,正常情况应该是R。于是我有网上找了下原因,说只有空闲条件满足job的运行条件才会运行。 我做了以下操作: 先scancle 掉所有队列里的人物 修改slurm.config 的参数稍大一些 重新启动sudo systemctl restar...
2024-02-02
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metaGEM使用小记(解决各种问题)2024.1(一)
前言,如何把数据从百度云上下载到linux服务器上可以直接通过pip下载:pip install bypy -y 第一次使用时需要随便输入一个命令以激活授权界面,如输入 bypy info 然后打开提示的连接 将复制的内容粘贴到终端后回车,等待即可。 登陆成功后会提示如下信息 登录百度网盘(我的应用数据/bypy/你的文件名/*/文件) 有多个文件...
2024-01-28
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