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metaGEM使用小记(解决各种问题)2024.1(三)
正式流程这是原始文件夹省略了这些文件的内容,tree -I 'scripts|rules|envs' 每次新生成的文件和文件夹会用*标记出来 12345678910111213.├── config.yaml├── dataset│ ├── L1EFG190305--AM43│ │ ├── L1EFG190305--AM43_R1.fastq.gz│ │ ...
2024-02-05
MAGs云分析
生物计算机科学
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metaGEM使用小记(解决各种问题)2024.1(二)
书接上文,貌似配置还有点问题。跑了半天以后迟迟看不到结果,htop一看CPU占用几乎为0,应该是没跑起来,squeue 再一看,状态是PD,意思是等待,正常情况应该是R。于是我有网上找了下原因,说只有空闲条件满足job的运行条件才会运行。 我做了以下操作: 先scancle 掉所有队列里的人物 修改slurm.config 的参数稍大一些 重新启动sudo systemctl restar...
2024-02-02
生物计算机科学
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metaGEM使用小记(解决各种问题)2024.1(一)
前言,如何把数据从百度云上下载到linux服务器上可以直接通过pip下载:pip install bypy -y 第一次使用时需要随便输入一个命令以激活授权界面,如输入 bypy info 然后打开提示的连接 将复制的内容粘贴到终端后回车,等待即可。 登陆成功后会提示如下信息 登录百度网盘(我的应用数据/bypy/你的文件名/*/文件) 有多个文件...
2024-01-28
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